1. Bổ sung quy định cho phép người đại diện tổ hợp tác hoặc người được ủy quyền đăng ký hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoặc tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã có thể lựa chọn nộp hồ sơ và nhận kết quả tại bất kỳ cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã nào trong phạm vi thành phố. 

Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã nơi tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã đặt trụ sở chính là cơ quan xử lý, giải quyết thủ tục đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; 

Bổ sung quy định về việc không yêu cầu nộp bản sao các thành phần hồ sơ khi đã khai thác, sử dụng thông tin đã có trong các cơ sở dữ liệu (Điều 4);

2. Quy định về cơ quan đăng ký kinh doanh giải quyết thủ tục đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã là phòng chuyên môn thuộc UBND cấp xã có chức năng, nhiệm vụ đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo quyết định của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh (trường hợp đơn vị hành chính cấp xã thành lập phòng chuyên môn) hoặc Ủy ban nhân dân cấp xã (trường hợp đơn vị hành chính cấp xã không thành lập phòng chuyên môn) (Điều 5);

3. Bổ sung thành phần hồ sơ giải thể hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (bản sao sổ đăng ký thành viên chính thức, thành viên liên kết góp vốn, thành viên liên kết không góp vốn) và hồ sơ thông báo chấm dứt hoạt động tổ hợp tác (bản sao sổ ghi chép về việc đóng góp của thành viên tổ hợp tác); 

Bổ sung trách nhiệm của cơ quan đăng ký kinh doanh trong việc cập nhật, lưu trữ thông tin về thành viên chính thức, thành viên liên kết góp vốn, thành viên liên kết không góp vốn của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, thành viên tổ hợp tác trong Cơ sở dữ liệu về đăng ký hợp tác xã trong thời hạn 06 năm kể từ ngày hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã giải thể, tổ hợp tác chấm dứt hoạt động (các Điều 7, 51 và 64);

4. Bổ sung quy định về việc yêu cầu xác thực điện tử đối với người ủy quyền và người được ủy quyền khi ủy quyền thực hiện các thủ tục: đăng ký thành lập tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; đăng ký thay đổi người đại diện theo pháp luật của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; thông báo thay đổi thông tin về thành viên chính thức, thành viên liên kết góp vốn là tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài, cá nhân là nhà đầu tư nước ngoài của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; đăng ký thay đổi thành viên tổ hợp tác (Điều 12);

5. Hoàn thiện quy định về đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã qua mạng thông tin điện tử (Điều 31);

6. Bổ sung quy định cụ thể về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, thông báo thay đổi nội dung đăng ký hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo bản án của Tòa án hoặc phán quyết của trọng tài đã có hiệu lực pháp luật (Điều 40);

7. Bổ sung quy định về tổng thời gian tối đa tạm ngừng kinh doanh không quá 24 tháng và quy định chuyển tiếp đối với trường hợp tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã đã thông báo tạm ngừng kinh doanh trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành; 

Bổ sung cơ chế xác nhận việc tiếp tục kinh doanh trở lại của tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã sau khi kết thúc thời hạn đăng ký tạm ngừng kinh doanh đã thông báo (các Điều 48, 63 và 68);

8. Bổ sung thủ tục đăng ký thay đổi thành viên tổ hợp tác và bãi bỏ thủ tục đăng ký thay đổi người đại diện tổ hợp tác (Điều 61);

9. Bổ sung quy định về chủ sở hữu hưởng lợi của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (Điều 66).

10. Bãi bỏ Phụ lục và các Biểu mẫu kèm theo Nghị định số 92/2024/NĐ- CP. 

Biểu mẫu về đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã thực hiện theo quy định tại Thông tư số 43/2025/TT-BTC ngày 17/6/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành biểu mẫu sử dụng trong lĩnh vực quản lý nhà nước đối với hộ kinh doanh, tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khi tổ chức chính quyền địa phương 02 cấp