Việc sử dụng đúng thuốc bảo vệ thực vật theo Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng và tuyệt đối không sử dụng các loại thuốc nằm trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng có ý nghĩa hết sức quan trọng đối với sản xuất nông nghiệp, bảo vệ sức khỏe con người và môi trường sinh thái. Trước hết, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật đúng danh mục giúp đảm bảo an toàn cho sức khỏe người sản xuất và người tiêu dùng.
Các loại thuốc được phép sử dụng đã được cơ quan chuyên môn thẩm định về mức độ độc hại, liều lượng và thời gian cách ly, từ đó hạn chế tồn dư hóa chất trong nông sản, góp phần cung cấp thực phẩm an toàn cho xã hội. Ngược lại, việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật cấm có thể gây ngộ độc cấp tính, tích lũy chất độc lâu dài trong cơ thể, ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe cộng đồng. Bên cạnh đó, việc tuân thủ danh mục thuốc bảo vệ thực vật còn góp phần bảo vệ môi trường và hệ sinh thái nông nghiệp. Thuốc cấm thường có độc tính cao, khó phân hủy, gây ô nhiễm đất, nước, tiêu diệt các loài sinh vật có ích và làm mất cân bằng sinh thái. Sử dụng thuốc đúng quy định giúp duy trì độ phì nhiêu của đất, bảo vệ nguồn nước và đa dạng sinh học.
Ngoài ra, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật đúng danh mục là yêu cầu bắt buộc nhằm nâng cao chất lượng nông sản, đáp ứng tiêu chuẩn thị trường trong nước và xuất khẩu. Đây là điều kiện quan trọng để xây dựng nền nông nghiệp an toàn, bền vững, nâng cao uy tín và giá trị sản phẩm nông nghiệp Việt Nam.